بررسی ممزوج های مختلف ژن های ipad وstxb و ctxb شیگلا دیسانتری و ویبریو کلرا به وسیله بیوانفورماتیک

شیگلا دیسانتری یکی از عوامل اصلی بیماری اسهال در انسان است و هم چنین وبا (ویبریوکلرا) بیماری عفونی بسیار مهلکی می باشد که به صورت اپیدمی ها و پاندمی هایی بروز می کند. ساخت واکسن علیه این دو بیماری بسیار مفید به نظر می رسد. بهترین روش برای ساخت واکسن علیه این دو بیماری، استفاده از زیر واحدهای b‏ انتروتوکسین این دو باکتری می باشد که به نامهای stxb (برای شیگلادیسانتری) و ctxb (برای ویبریوکلرا) مشهورند. این دو بخش برای اتصال زیر واحدهای سمی (زیر واحد a) به گیرنده های سطح سلولی این دو توکسین در اپیتلیوم روده و اثر مخرب آن ها ضروری هستند. پروتئین ipad شیگلا نیز دارای خاصیت آنتی ژنی بوده و می تواند هدف مناسبی برای تولید واکسن باشد. این پروتئین سرآغاز فعالیت های تهاجمی شیگلابوده و یکی از مهم ترین فاکتورهای بیمار یزای موجود در شیگلا می باشد. آنتی بادی های ضد ipad می توانند از ایجاد منفذ توسط شیگلا جلوگیری به عمل آورند. پس با ایجاد پاسخ ایمنی علیه آن ها می توان از ورود سم به داخل سلول ممانعت به عمل آورد. امروزه پروتئین ctxb را به عنوان ایمنوادجوانت قوی در ایمنی زایی وابسته به مخاط می شناسند. به همین منظور با ترکیب این سه ژن با هم می توان، اولاً با استفاده از خاصیت ادجوانتی ctxb میزان ایمنی زایی علیه stxb و ipad را افزایش داد، ثانیاً می توان علیه هردو عامل عفونت زا، ایمنی ایجاد کرد. در این مطالعه با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک modeller، protparam و psipred حالتهای مختلف پروتئین کایمریک ژنهای ipad وstxb و ctxb شیگلا دیسانتری و وبیریوکلرا مورد ارزیابی قرار گرفت. بهترین ترتیب ممکن برای ساخت واکسن نوترکیب از این سه پروتئین بررسی شد. منظور از بهترین حالت ممکن این است که این سه پروتئین را به ترتیبی کنار هم قرار دهیم که از لحاظ ساختار و عملکرد بر روی یکدیگر تاثیری نگذارند و یا کمترین تاثیر ممکن را بگذارند و از طرف دیگر پروتئین نوترکیب حاصل، پایداری و نیمه عمر زیادی داشته باشد. بدین منظور ممزوج های مختلف دوتایی و سه تایی این پروتئینها را از نظر خصوصیات مختلف با یکدیگر مقایسه شدند و در نهایت بهترین حالت ممکن ممزوج سه تایی ctxb-stxb-ipad بدست آمد.